Yên Mỹ là quê hương của Bí thư Xứ ủy Nam Kỳ Tạ Uyên. Đây cũng là xã được công nhận Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân ở Ninh Bình. Trong lịch sử đấu tranh cách mạng dưới sự lãnh đạo của Đảng Cộng sản Đông Dương, đất Lũ Phong (xã Quỳnh Lưu, Nho Quan) và đất Côi Trì (xã Yên Mỹ, Yên Mô) là hai nơi lập thành hai chi bộ cộng sảng đầu tiên của Ninh Bình.

Đại Nam nhất thống chí có nói đến "Trường Yên thất hào", bảy người Ninh Bình nổi danh đời Lê. Đó là Hiển trung đại phu Hoàng Trọng Cung người huyện Yên Khánh, Tham nghị Nguyễn Tử Dự người Giá Hộ (Hoa Lư), Thừa chính Nguyễn Đoan Tước người Phúc Am (thành phố Ninh Bình), Thị độc Ninh Thấu người Côi Trì (Yên Mỹ, Yên Mô), Hiến phó sứ Nguyễn Đình Chí, người Bồ Xuyên (Yên Thành, Yên Mô), Thiêm sự Trịnh Xuân người Yên Liêu (Khánh Thịnh, Yên Mô) và Tham chính Phạm Kiêm Huyền người Thiên Trì (Yên Mạc, Yên Mô).

Xã Yên Mỹ nằm bên tuyến kênh Nhà Lê, là tuyến đường thủy đầu tiên trong lịch sử Việt Nam từ kinh đô Hoa Lư đến Đèo Ngang và được xem là tuyến đường Hồ Chí Minh trên sông vì những đóng góp cho các cuộc chiến tranh của người Việt.